بدأ العمل في مركز المفقودين داخل صحن النساء – باب الحجة، التابع لشعبة الزينبيات، عام (1442 هـ)، وسط تحديات وصعوبات في توفير الكوادر المتخصصة بهذا المجال، وفي العام التالي، تم التنسيق مع قسم الاتصالات لتجهيز المركز بكوادر نسائية مؤهلة للعمل في مراكز المفقودين.

ومنذ ذلك الحين، يواصل المركز أداء مهامه في إعادة المفقودين إلى ذويهم، سواء كانوا أطفالًا أو كبارًا في السن أو نساء وفتيات، كما يقدّم خدمة الانتظار، التي تتيح للزائرات الكريمات ترك أطفالهن أو كبيرات السن في المركز لحين إتمام الزيارة والعودة لاستلامهم.

يرتبط المركز إلكترونياً بجميع مراكز المفقودين على طرق زائري الإمام الحسين (عليه السلام) من ثلاثة محاور رئيسية: كربلاء – بغداد، كربلاء – النجف، وكربلاء – الحلة، بالإضافة إلى باقي المحافظات، وذلك عبر برنامج إلكتروني خاص طورته العتبة الحسينية المقدسة، فضلًا عن برنامج ضياء المؤمن الذي أطلقته العتبة الحسينية المقدسة لأول مرة.

وقد تمكّن المركز خلال زيارة الأربعين الماضية من إعادة نحو (1400) مفقود إلى ذويهم، مسجّلًا نسبة إنجاز كاملة، حيث عاد جميع المفقودين الذين دخلوا المركز إلى عائلاتهم بحمد الله.